Le spore di Alternaria alternata sono una fonte di aero-allergeni molto comune e potente che si trova comunemente in campioni ambientali. L'esposizione più intensa agli allergeni di A. alternata è probabile che si verifichi all'aperto; tuttavia, l’Alternaria e altri funghi allergenici possono colonizzare in ambienti interni. La sensibilizzazione ad A. alternata, è stata associata inequivocabilmente ad un aumento della gravità dell'asma. Tra le proteine allergeniche descritte in questa specie fungina, l'allergene maggiore, Alt a 1, è stato segnalato come la principale causa di allergie respiratorie in pazienti affetti da allergia alle muffe ed è considerato un marker di sensibilizzazione primaria ad A. alternata. Inoltre, la sensibilizzazione ad A. alternata sembra essere un fattore scatenante nello sviluppo di poli-sensibilizzazioni, molto probabilmente a causa della capacità di A. alternata di produrre, oltre ad Alt a 1, una gamma ampia e complessa di allergeni cross-reattivi con gli omologhi presenti in diverse altre fonti allergeniche.